Di wilayah Batak telah dipengaruhi oleh beberapa agama, yaitu agama Islam dan Kristen Protestan. Agama Islam masuk di Minangkabau sejak tahun 1810 dan sekarang dianut oleh sebagian besar dari orang Batak selatan (Mandailing dan Angkola).
Sedangkan agama Kristen disiarkan ke daerah Toba dan Simalungun dan oleh misionaris dari Jerman sejak tahun 1863 dan ke daerah Karo oleh misionaris dari Belanda. Di samping itu juga ada agama-agama lain dan agama pribumi.
Walaupun sebagian besar orang Batak telah menganut agama Islam. Protestan dan Katholik, namun banyak konsep-konsep agama aslinya masih hidup terutama di pedesaan. Hal ini dapat diketahui lewat buku-buku kuno yang berisi silsilah Batak dan dunia makhluk halus.
Orang Batak punya konsepsi bahwa alam ini beserta segala isinya diciptakan oleh Debata (Ompung) Mulajadi na Bolon. Dia berada di atas langit dan mempunyai nama-nama lain sesuai dengan tugas dan tempat kedudukannya.
Selain sebagai pencipta, Debata Mulajadi na Bolon juga menciptakan dan mengatur kejadian gejala-gejala alam, seperti hujan, kehamilan dsb.
Dalam hubungan dengan jiwa dan roh, orang Batak mengenal 3 konsep yaitu tondi, sahala dan begu. Tondi adalah jiwa atau roh orang itu sendiri dan sekaligus merupakan kekuatannya. Sahala adalah jiwa atau roh kekuatan yang dimiliki seseorang. Tidak semua memiliki sahala, dan beberapa orang yang memiliki sahala itu jumlah dan kwalitasnya berbeda-beda.
Sahala raja lebih kuat daripada sahala orang biasa, sahala kelompok hula-hula lebih kuat daripada kelompok boru. Sedangkan begu adalah tondinya orang meninggal. Semua tingkah laku begu adalah seperti tingkah laku manusia, tetapi berlaku secara kebalikannya.
Begu ada yang baik dan ada yang jahat. Bagi orang Batak Toba, begu yang terpenting adalah sumongol ni ompu, yaitu begu nenek moyangnya. Selanjutnya baca juga: Sistem kemasyarakatan suku Batak
