Hubungan perdagangan antar pulau di Indonesia berlangsung sampai dengan tahun 1500. masa ini di bagi menjadi 2 masa, yaitu abad ke-5 – abad ke-6 dan abad 11 – abad ke-16.
Perdagangan abad ke-5 sampai abad ke-6
Pada masa ini perdagangan sudah mulai berkembang, terutama di Sumatera Tengah. Perkembangan perdagangan dilanjutkan pada masa Kerajaan Sriwijaya. mulai abad ke-7. Kerajaan Sriwijaya menjadi pusat perdagangan Indonesia pada masa itu.
Kapal-kapal dagang dari berbagai pulau di Indonesia singgah di pelabuhan Sriwijaya. Sementara itu, Kerajaan Pajajaran juga telah memulai mengembangkan perdagangan antar pulaunya pada abad ke-8.
Perdagangan abad ke-11 sampai abad ke-16
Perdagangan antar pulau Kerajaan Pajajaran berkembang hingga abad ke-16, dan memiliki beberapa pelabuhan terkenal, diantaranya adalah Sunda Kelapa dan Banten. Dari pelabuhan ini, pedagang-pedagang Pajajaran berlayar ke pulau-pulau lain di Indonesia.
Kerajaan Bali juga telah mengembangkan perdagangan antar pulau sejak abad ke-11, pada masa pemerintahan Raja Anak Wungsu.
Munculnya Kerajaan Samudera Pasai yang terletak di tepi selat Malaka pada abad 13 memperluas pelayaran dan perdagangan antar pulau di Indonesia. Karena letaknya yang strategis, Samudera Pasai menjadi tempat persinggahan kapal-kapal yang berlayar di Selat Malaka, terutama kapal-kapal dagang dari Jawa dan Indonesia Timur.
Baca juga: Perdagangan dan pelayaran di Indonesia sekitar tahun 1500 Masehi
Perkembangan Perdagangan Indonesia Abad 13
Di Indonesia Timur, khususnya Maluku, pelayaran dan perdagangan mulai berkembang pada abad 13. Kerajaan Ternate terkenal sebagai penghasil rempah-rempah. Keadaan ini menyebabkan Ternate sering dikunjungi pedagang dari berbagai tempat. Mereka menjual pakaian atau beras untuk ditukar dengan rempah-rempah.
Pada abad 14, Kerajaan Majapahit mencapai pundak kejayaannya. Pelayaran dan perdagangan berkembang dengan pesatnya. Majapahit mempunyai dua pelabuhan besar, yaitu Tuban dan Gresik. Kedua pelabuhan itu merupakan pelabuhan transito (perantara) rempah-rempah dari Maluku. Rempah-rempah dari Maluku ditimbun di gudang-gudang pelabuhan Tuban dan Gresik untuk dijual ke Malaka.
Dengan demikian, terjadi hubungan dagang antara Majapahit (Tuban dan Gresik) dengan Maluku, Malaka, dan bahkan dengan Makasar. Dari Tuban dan Gresik, kapal-kapal dari Makasar membawa beras ke Indonesia Timur.
Perdagangan antar pulau pada abad ke-16 dilanjutkan oleh kerajaan-kerajaan lainnya, seperti Demak, Banten, Cirebon, Banjar dan Ternate.